Milioka zelula, ikusiezina agerian

Zelulen portaera ulertzea biologiaren erronka nagusietako bat da. Horretarako, biologoek eta osasun-zientzietako ikertzaileek mikroskopia erabiltzen dute, irudi horiek ez baitute soilik zelula bat erakusten. Zelulen antolaketa, haien arteko harremanak, proteinen kokapena edo ehunen egitura ikus daitezke. Informazio hori ustiatzeko, zelulak identifikatu, zenbatu, neurtu eta denboran zehar izaten dituzten aldaketak aztertu behar dira.

Azken urteotan mikroskopia-teknikek jauzi handia egin dute. Bereizmen handiko eta hiru dimentsioko irudiak sortzea ohikoa bihurtu da. Horrek ikerketarako aukera berriak ireki ditu, baina baita datu-kopuru ikaragarria ere.

Testuinguru horretan hartu dute indarra ikusmen artifizialak eta ikasketa sakoneko ereduek. Sistema horiek gizakiak eskuz egingo lituzkeen lanak automatizatzen dituzte, eta irudietan agertzen diren patroi konplexuak identifikatzeko gai dira. Horretarako, aurrez bildutako irudi datu multzoekin entrenatutako neurona sareak erabiltzen dira; behin ikasita, aurretik ikusi gabeko irudietan ere antzeko egiturak automatikoki ezagutzen dituzte.

Hala ere, teknika horiek erabiltzeak datuak prestatzea, ereduak entrenatzea eta kalkulu-ahalmen handiko azpiegiturak erabiltzea eskatzen du. Horregatik, ez dira beti biologoen eskura egoten.

Hain zuzen ere, behar horri erantzuteko sortu da BiaPy1 (BiaPy: accessible deep learning for bioimages), bioirudien analisian ikusmen artifiziala eta ikasketa sakonaren erabilera erraztea helburu duen plataforma irekia. Bertan eskaintzen diren metodoak ikusmen artifizialeko ikerketa-lanen emaitzak dira, eta horien garapenean parte hartzen dute, besteak beste, EHUko Informatika Fakultateko CVPD ikerketa taldeko ikertzaileek. Ikerketa horiek, ordea, ez dira argitalpen zientifikoetan soilik geratzen, BiaPyren bidez tresna erabilgarri bihurtzen dira, biologoek eta medikuek adimen artifizialean aditu izan gabe erabili ditzaten. Horrela, ikerketa prozesuan sortutako ezagutza komunitate zientifiko osoaren eskura jartzen da.

BiaPy lankidetza baten emaitza da, eta haren garapenean aipatutako CVPD ikerketa taldea ez dago bakarrik, Biofisika Ikerketa Institutuko, Ikerbasqueko eta DIPCko ikertzaileek bide lagun izan ohi dituzte. Horrez gain, Euskal Herritik kanpo ere, beste erakunde batzuetako ikertzaileek parte hartu dute lankidetzan, Sevillako Unibertsitateko, Boston Collegeko eta Parisko Ecole Polytechniqueko ikertzaileek, adibidez.

Mikroskopioek gero eta irudi gehiago sortzen dituzten heinean, benetako erronka irudi horiek ezagutza bihurtzea izango da. BiaPy bezalako plataformek erakusten dute adimen artifizialaren etorkizuna ez dagoela soilik algoritmo hobeak garatzean, baizik eta algoritmo horiek ikertzaile gehiagoren eskura jartzean. •